Tausend Jahre sind vergangen, seit unser Sonnensystem von den Gauna zerstört wurde. Bisher haben sich die letzten Menschen stets nur auf einen Verteidigungskrieg mit den tödlichen Außerirdischen eingelassen. Nun geht das Raumschiff Sidonia jedoch in die Offensive über. Das Ziel ist die Ausrottung der Gauna! Doch langsam offenbart sich das ganze Ausmaß der pervertierten Forschung des durchtriebenen Dr. Ochiai.