Tausend Jahre sind bereits vergangen, seit die Menschheit am Rande der Auslöschung stand. Tausend Jahre, während der sie an Bord des Raumschiffs Sidonia eine neue Heimat fand und sich weiterentwickelte. Tausend Jahre, in denen die gefährlichen Gauna die Jagd nach den letzten verbliebenen Menschen noch nicht aufgegeben haben.