Louis Pasteur MUSONGERA a suivi plusieurs formations militaires tant du niveau opérationnel que du niveau stratégique militaire. Il est également détenteur d'un diplôme de licence en droit, un diplôme des hautes études de stratégies et de défense, un master en sciences de gouvernance et un master exécutif en Sécurité internationale et management stratégique et opérationnel des risques. En plus, il est membre de l'African Security Sector Network (ASSN), un réseau d'experts africains dans le secteur de la sécurité. Il est formateur en droit de l'homme et droit international humanitaire et jouit d'une expérience dans le processus DDR.