Die Auseinandersetzung mit den Osiandristen in Preußen setzt sich auch 1554 fort. Melanchthon wird im Mai zu einem Theologenkonvent nach Naumburg beordert, der jedoch zu keiner Einigung führt, da die Württemberger Theologen nicht rechtzeitig eintreffen und andere ganz fernbleiben; seine Skepsis gegenüber Synoden wächst. Das Schicksal des im März verstorbenen Herzogs Johann Friedrich von Sachsen bedauert Melanchthon. Er erfährt von der Inhaftierung und Hinrichtung der evangelischen Bischöfe in England und nimmt Anteil an den Geschicken der Glaubensflüchtlinge. Johannes Calvin gegenüber signalisiert Melanchthon seine Zustimmung zur Verbrennung des Antitrinitariers Servet im Oktober 1553 in Genf. Im Sommer quält ihn sein Steinleiden; im September führt ihn eine Schulvisitation nach Grimma, Meißen und Schulpforta.